Aguilar, arquitecto por la Escuela Técnica Superior de Arquitectura de Madrid, ha ejercido como arquitecto del Departamento de Obras Públicas, Ordenación del Territorio y Medio Ambiente del Gobierno Vasco entre 1993 y 1999. Posteriormente fue diputado foral de Obras Públicas y Urbanismo de la Diputación Foral de Álava y director de Organización.
En excedencia especial de Adif, desde enero de 2014 hasta septiembre de 2016 ha ocupado el cargo de director general de Renfe Mercancías S.A.