El Estado financiará íntegramente la actuación, a través del Programa de Rehabilitación Arquitectónica del Ministerio de Fomento, que licita las obras y aporta el 58,37%% del presupuesto, con la cofinanciación del Ministerio de Defensa, que aporta el 51,63% restante.
El actual museo es el heredero de una iniciativa que tiene su origen en el año 1792, inaugurado provisionalmente en 1843, y establecido en su ubicación actual desde 1932. Actualmente alberga al Cuartel General de la Armada.